El principio de la historia del CMBS en la comunidad del barrio Juan Rey es en el año de 1973, bajo la fundación de la institución educativa realizada por el padre Bernardo Sánchez, en aquel tiempo el nombre que se estableció para el colegio era Juan Rey, cuya resolución ministerial era 9211 del 26 de octubre de 1976 ya para los años 1978 y 1979 aparece dentro de la institución los grados quinto y sexto de bachillerato, lo que obviamente evidencia que la primera promoción que tituló el colegio fue en el año 1979 siendo rector el propio fundador .
En el año de 2004 bajo la resolución 7829 del 20 noviembre de 1998 el colegio es nombrado como COLEGIO MONSEÑOR BERNARDO SÁNCHEZ HERMANAS DE NUESTRA SEÑORA DE LA PAZ. Vale aclarar que desde el año 1973 ha sido dirigido y acompañado por la Comunidad de Hermanas de Nuestra Señora de la paz. Colegio que por sus altos niveles de exigencia y calidad académica ha generado en el sector un gran impacto a nivel académico pues la mayoría de los egresados continua sus estudios superiores. En la actualidad se cuenta con 1841 egresados. (2018).
Desde el año 2012 se inicia la alianza de cooperación con la Fundación Alberto Merani para gestionar con Instituciones aliadas estrategias para el mejoramiento continuo en la implementación de un nuevo modelo de aula desde la Pedagogía Conceptual, alianza que culmina en diciembre del 2017.
Durante el año 2016 el Colegio fortalece las estrategias de calidad educativa con el fin de brindar a los estudiantes mejores condiciones para su inmersión con la educación superior, concreta el convenio de Articulación con la Corporación Unificada Nacional de Educación Superior (CUN) con la Escuela de Ingeniería con el programa de Técnicos Profesionales en Mantenimiento Electrónico. En la modalidad de programas propedéuticos.
Por más de doce años la Institución inscribe convenios con entidades y organizaciones que lideran proyectos ambientales, participando en la implementación de proyectos de impacto en la localidad y de los Cerros Orientales de Bogotá. Secretaría de Medio Ambiente, Jardín Botánico, Alcaldía Local de San Cristóbal, Corporación Ambiental Chilcos, entre otras con las cuales se han podido aunar esfuerzos para la conservación de los ecosistemas del subpáramo en el cual está ubicado en Colegio Monseñor Bernardo Sánchez.